여기에 정부 차원의 피해자 조사는 2013년 가습기살균제 피해구제 결의안이 국회 본회의를 통과하고 나서야 시작됐다. 정부는 2013년 7월∼2014년 4월, 2014년 7월∼2015년 4월 두 차례에 걸쳐 가습기살균제 피해자 조사를 진행했다. 1, 2차 조사 때는 530명이 피해 조사를 신청해 221명이 피해자로 최종 인정됐다. 이후 정부는 2015년 12월 31일까지 3차 조사를 마감했지만, 사건이 언론 등에서 크게 다뤄지는 등 사회 이슈로 부상하자 2016년 5월부터 4차 피해자 신고를 받겠다고 밝혔다.
또 검찰 수사의 경우도 사건 발생 5년이 지난 2016년에서야 전담수사팀이 구성돼 본격적으로 진행됐다. 검찰 특별수사팀은 2016년 2월 옥시와 홈플러스, 롯데마트 등 제조·유통사에 대한 추가 압수수색을 진행했고, 4월 초에는 ▷옥시싹싹 뉴가습기당번 ▷와이즐렉 가습기살균제(롯데마트 PB제품) ▷홈플러스 가습기청정제 ▷세퓨 가습기살균제 등 4개 제품이 폐손상을 유발했다는 잠정 결론을 내렸다.
최대 가해업체인 옥시는 검찰수사가 본격화되자 사건이 드러난 지 5년 만에 뒤늦은 공식 사과를 했고, 존리와 신현우 전 옥시 대표 등은 과실치사ㆍ상 혐의로 구속됐다. 그러나 존리 대표는 1ㆍ2심에서 모두 무죄를 선고받았고 1심에서 징역 7년을 선고받았던 신현우 전 대표는 2심에서 6년으로 감형되는 등 솜방망이 처벌로 또다시 논란이 일고 있다.
한편, 환경보건시민센터에 따르면 가습기 살균제는 SK케미칼(당시 유공)이 개발한 1994년부터 판매가 중단된 2011년까지 20개 종류가 연간 60만 개가량 판매된 것으로 추산되며, 가습기 살균제를 사용한 사람들은 894만∼1087만 명에 이른다. 이 가습기살균제 사건이 우리나라에서만 유독 불거진 것은 우리나라에서만 유해성이 입증된 성분이 가습기살균제로 이용되는 게 허용됐기 때문이다. 예컨대 다른 나라들의 경우 PHMG에 대해 별도의 예외조항을 둬 살균물질을 흡입할 경우 고독성을 검증할 수 있도록 안정성 검사와 성분 표시를 의무화하고 있다.